Puedes explicarme tu situación por Chat Box?, porque no entendí en nada la queja.

1) Sobre el taijutsu, el taijutsu si se refiere combate cuerpo a cuerpo. Pero lo que tu quieres es que deje sin facultad de elección al usuario de taijutsu y que sea taijutsu puro, como era antes,claro si te basas en la serie, y vez a rock lee y Guy sensei, claro no usan elementos. Pero ahora si vez al raikage, es Taijutsu y si usa elemento, entonces no veo la imposibilidad de que use elemento un taijutsista.
Ahora porque se Hizo asi y no se dejo como antes: porque como estaba antes, nadie queria ser taijutsu, y mejor ais, da mas chance creo yo de variedad, ademas si uno quiere ser taijutsu puro sin elemento es facultad del usuario.
Osea si tu reclamo esta enfocado que si tu quiere ser taijutsu sin elementos, lo podes hacer, no hay problema alguno, asi que tranquilo, no hay porque enojarse, ademas como personalizes tu pj (obvimanete con las detemrinadas restricciones de cada clan y cada especialidad) es cosa de cada uno ^^, por lo que is quiere ser un taijutsu puro, no hay problema alguno, estas en tu facultad absoluta.

2) Lo que se borro fue la especialidad Kugutsushi, no el clan.
Y se dejo que en ves de que solo usaran sus marionetas, se les habrio las puertas para que escogieran una especialidad, e incluso pudieran usar sus tecnicas a tarvez de sus marionetas. y como lo mismo pasaba con el taijutsu nadie queria ser taijutsu, aqui nadie queria ser kugutsu, cuando libere el clan y no lo deje tan restringido, empezaron a hacerse del clan. Peo te recuero en tu reclamo, el clan kugutsu no se borro, esta y liberado, asi que no es para desanimarse, es mas ahora tiene la opcion de elegir tu especialidad, asi que capaz que si quieres ser del clan tienes mas facilidades.
Asi que no te asustes, y no no se ha borrado ^^.